在反滲透膜系統(tǒng)運行過程中，脫鹽率和產(chǎn)水量的下降是常見的故障，反滲透膜元件進(jìn)水流道的堵塞并伴隨著組件壓差的增加是另一類典型的故障。如果脫鹽率和產(chǎn)水量較平緩地下降，這就表明系統(tǒng)存在正常的污堵，它可以通過恰當(dāng)和定期的化學(xué)清洗來解決。而反滲透膜元件快速或突然的性能下降表明系統(tǒng)有缺陷或誤操作，盡早采取相應(yīng)的措施。同時對產(chǎn)水流量和脫鹽率的數(shù)值進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化，以便于對系統(tǒng)的性能作出正確的判斷。 

反滲透膜污染是一個十分棘手的問題，它不但會造成系統(tǒng)的產(chǎn)水量降低，脫鹽率下降，同時會增加系統(tǒng)操作壓力，間接造成運行成本增加。常見的膜污染物包括有機(jī)物/膠體污染，微生物污染，無機(jī)結(jié)垢污染等。

有機(jī)物/膠體污染：進(jìn)水中有機(jī)物吸附在反滲透膜元件表面，會造成通量的損失，常發(fā)生在系統(tǒng)第一段，造成產(chǎn)水量下降，一段壓差增加，打開一段反滲透膜殼進(jìn)水側(cè)，會發(fā)現(xiàn)膜元件端面有粘稠狀污染物。 

微生物污染：常發(fā)生在系統(tǒng)第一段，造成產(chǎn)水量下降，脫鹽率下降，一段壓差增加，打開一段膜殼進(jìn)水側(cè)檢查，會發(fā)現(xiàn)粘稠狀污染物，并伴有腥臭味。生物污堵嚴(yán)重時會引起反滲透膜系統(tǒng)前段壓降的顯著增加，對進(jìn)水水流產(chǎn)生極高的阻力，容易造成反滲透膜元件進(jìn)水端產(chǎn)生望遠(yuǎn)鏡現(xiàn)象，而在濃水端發(fā)生格網(wǎng)沖出現(xiàn)象。 

絮凝劑/阻垢劑污染：當(dāng)聚合有機(jī)阻垢劑與多價陽離子如鋁或殘留聚合陽離子絮凝劑相遇時，將會形成膠狀沉淀，嚴(yán)重污染前段的反滲透膜元件。常發(fā)生在系統(tǒng)第一段，造成產(chǎn)水量下降，一段壓差增加，對于聚鋁類污染，保安過濾器濾芯以及膜端面上會存在黃色。 

無機(jī)垢類污染：結(jié)垢是微溶或難溶鹽類的沉淀或沉積的水化學(xué)問題，一般出現(xiàn)在未設(shè)置恰當(dāng)?shù)念A(yù)處理而且回收率偏高的系統(tǒng)。結(jié)垢常發(fā)生在系統(tǒng)的后一段，造成壓差增加，產(chǎn)水量下降。打開二段膜殼會發(fā)現(xiàn)有大量結(jié)晶物沉積在膜殼適配器以及膜元件上。